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Pourquoi il faut bien nettoyer (après une épidémie)

Ce matin, pendant une conférence à l’ESEB, Dieter Ebert nous parlait de pathogènes qui se diffusaient aussi depuis les individus qu’ils avaient éliminés.

Du coup, histoire de souffler un peu en rentrant, je me suis mis à modifier un modèle classique d’épidémiologie (SI) pour ajouter la possibilité que les individus morts transmettent le pathogène.

C’est tout simple. […]

Ce matin, pendant une conférence à l’ESEB, Dieter Ebert nous parlait de pathogènes qui se diffusaient aussi depuis les individus qu’ils avaient éliminés.

Du coup, histoire de souffler un peu en rentrant, je me suis mis à modifier un modèle classique d’épidémiologie (SI) pour ajouter la possibilité que les individus morts transmettent le pathogène.

C’est tout simple. On part du principe qu’un individu est malade, et peut devenir infecté avec un certain taux. Un individu infecté peut mourir avec un autre taux ( »virulence »). Une fois mort, il continue pendant un temps à être infectieux (soit avant qu’on l’enterre par exemple, soit avant qu’il ne soit biodégradé).

C’est un peu le problème qui s’est posé pendant la peste noire : les cadavres s’accumulaient et participaient à l’infection.

Du coup, j’ai très légèrement changé un modèle SI (en fait SIRS, mais j’ai changé les paramètres pour simuler un SI) pour incorporer ces informations, et testé l’effet du « nettoyage ».

Et ça donne ça :

nettoyage

Sans surprise, si on n’élimine pas cette source de contamination, on peut atteindre le point ou la population est décimée. Par contre, en traitant correctement les cadavres, on abaisse la mortalité totale à seulement 15%.

Je réalise que c’est super morbide comme sujet. Code source en R sur demande.

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Timothée