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Le Nobel, le rétrovirus, et le junk-scientist

Quelques remarques sur un futur champion français de la junk-science en évolution!

A ceux qui disent qu’on n’a pas tous les jours l’occasion de rigoler quand on se plonge dans le domaine fascinant de l’épidémiologie évolutive (pour aller vite, l’étude de la dynamique des maladies, avec un peu d’évolution derrière), je me vois forcé de répondre qu’il suffit d’attendre. Attendre quoi? Qu’un jour, un junk scientist du nom de Thierry Strub, d’après ses dires pote avec un prix Nobel, vienne vous demander votre avis sur une nouvelle théorie révolutionnaire qu’il a conçu tout seul dans sa tête, ou presque.

Ou plutôt, comme le faisait remarquer Vincent, ce serait amusant si ce n’était pas dangereux. La personne en question (docteur en médecine) propose, en gardant une distance avec les raisonnements habituels en recherche fondamentale, de comprendre comment les mutations fonctionnent, en comment on peut, en utilisant cette nouvelle compréhension, mettre un terme à l’épidémie de VIH.

Dans son approche, le processus mutatoire est contraint, canalisé, corrélatif, mais pas aléatoire. Pour bien comprendre à quel point on nage en plein délire – même si je ne l’utiliserai pas au labo, si quelqu’un sait quel produit ce monsieur consomme, j’en veux pour vendredi soir, ça a l’air sympa! – il va falloir passer par une rapide formation accélérée à la mutation. Pour aller plus vite, je vais me concentrer sur le cas des haploïdes qui ne font pas ou peu de recombinaison, et qui ne relisent pas leur travail à la fin (typiquement les pathogènes bactériens, viraux, …).

On peut séparer les mutations en deux types : les point mutations, et les macro-mutations. Les premières viennent d’erreur de réplication de l’ADN : les enzymes qui s’en occupent travaillent avec un modèle qu’il faut “recopier”, mais dans certains cas, il y a des petites erreurs. Si cette mutation n’est pas délétère (qu’elle permet de survivre), elle peut éventuellement se fixer dans la population. Les macro-mutations, c’est quand ça plante, ou du moins qu’il se passe quelque chose d’important : perte de gènes, délétion d’une région de chromosome ou echange de matériel génétique entre deux organismes.

Si la mutation est contrainte, dans la mesure ou sa fixation dépend de la valeur sélective qu’elle confère (j’ai fait un mini modèle de dérive + sélection pour illustrer ça), on ne peut pas en dire autant du processus. Si on connaît des mécanismes de biais mutationnel, aucun scientifique sérieux n’écarterait la nature aléatoire de ce processus.

Voilà qui conclut notre rappel sur les mutations et les processus de mutation.

Pourquoi proposer une nouvelle théorie pour remplacer celle-ci, qui fonctionne très bien, au demeurant? A cause des doubles épidémies (VIH-1/VIH-2 et Ebola). Wait. What?. D’abord, le point de vue de notre nouvel expert (il faut le présenter à Jean Staune d’urgence, ils vont nous pondre un livre super!). Les doubles épidémies le conduisent à introduire le Paradoxe de simultanéité en épidémiologie et l’hypothèse de non-séparabilité biologique (sic.).

Attention : les lignes qui suivent présentent son point de vue, je n’approuve rien, je ne fais que rapporter…

La pandémie de VIH a commencé dans les années 1980, avec deux rétrovirii (VIH-1 et -2), à peu près au même moment dans deux endroits différents. En 1976, on observe de la même manière deux outbreaks d’Ebola, une au Soudan, l’autre au Zaïre. On apprend que ces souches sont issues d’un ancêtre commun, souches apparentées, mais bien
indistinctes du point de vue génétique
(Note de moi : C’est incompréhensible. Si elles sont 100 % indistinctes génétiquement, c’est probablement la même souche.) En 1995, on a assisté à une situation similaire dans le nord du Zaïre, avec deux foyers distants d’une centaine de kilomètres.

Quelle hypothèse faire pour expliquer ces doubles foyers (Note de moi : J’explique ce que j’en pense plus bas, et ça n’a rien à voir avec ce qui suit…)? C’est tout simple : il suffit de faire l’hypothèse qu’il existe des actions à distance, comme en mécanique quantique (Staune devrait apprécier). Autrement dit, il existe des tunnels entre différentes mutations, et si on fait une mutation quelque part, on la fait aussi ailleurs. (Note de moi : Mais ne nous inquiétons pas les effets quantiques sont arrêtés facilement. Ils n’ont pas l’air de trouver comment franchir la barrière de mes flasques de culture, qui contiennent pourtant des populations issues d’un clone unique. Et pourtant je laisse le bouchon dévissé. La mécanique quantique n’est plus ce qu’elle était…).

Avant de nous lancer dans le grand n’importe quoi quantique, cependant, il était de bon ton de faire quelques manips. C’est là qu’on passe du simple délire à un truc qui a autant de sens que le clip de Ashes to ashes s’il avait été réalisé sous acide (Enfin vous avez capté l’esprit). Le protocole est simple, quoique mes étudiants de L1 font des descriptions plus correctes des procédures expérimentales, mais passons.

Donc, notre apprenti théoricien à la recherche de sa théorie du tout mutationnel s’est rendu (asseyez vous) à l’Institut Pasteur, dans le service de Françoise Barré-Sinoussi (connue de grand public pour son Nobel en 2008 – Note de moi : j’en discute plus tard).

La manip’ consistait à infecter des cellules peu permissives par une même souche de VIH, à quelques jours d’intervalle. Il semblerait qu’on observe un meilleur succès la deuxième fois. Donc il y a une action a distance qui transcende le temps, l’espace, le bon sens, les lois de la physique, et ma capacité à comprendre ce qu’il raconte avant d’avoir atteint une forte alcoolémie. A partir de là, tout devient limpide. Il suffit de la bonne cellule, la cellule clé, qui détournerait le processus évolutif du VIH vers un variant qui n’infecterait plus les lymphocytes. Si on arrive a faire évoluer l’avirulence in vitro, on aura un truc qui va se passer, avec du vocabulaire compliqué dedans (effet tunnel, paradigme de continuité, tautomérisation, intrication quantique, principe anthropique fort, télénonomie (Plus acceptable que le finalisme en sciences du vivant?), complexité irréductible (mais en étant opposé au créationisme, ça vous rappelle qui?), non séparabilité quantique issue du domaine microphysique, incertitude d’Heisenberg, paradoxe ERC). Il a réussi a balancer plus de buzzwords en deux paragraphes que mes potes en marketing (Just kidding. Je n’ai pas de potes chez les marketeux).

Bref, on est en pleine pseudo-science, pseudo-métaphysique-quantique-tautologique mais pas trop, pseudo-compréhension de l’évolution. Aucune surprise si je vous annonce que dans sa biblio, on trouve D’Espagant, Trinh Xuan Than, et Jean Staune!

Maintenant… mon tour!

Attention : les lignes qui suivent rapportent mon point de vue, les crackpots risquent de ne pas apprécier

Il y a tant à dire. On a envie de tout jeter au feu (je suis a deux doigts de proposer d’inclure l’auteur dans le lot…), tout est mauvais, rien n’est à sauver, ni même à lire. Croyez moi. Je tiens un PDF de son “travail” à la demande de qui veut, mais vous avez mieux à faire pendant les 4 minutes que sa lecture requiert. Même un vieux café froid oublié quelque part est une perspective plus attirante…

Pourtant, je vais tenter de discuter de quelques points qui méritent qu’on fasse un travail pédagogique…

Distance entre les foyers

Avant toute chose, on commence par le moins grave, et un peu de physique. La vitesse, nous a-t-on appris, c’est une distance sur un temps. On peut en conclure qu’une distance, c’est une vitesse multipliée un temps. Si on connaît la vitesse moyenne de déplacement de ce qui cause l’émergence de l’épidémie, et le temps qu’il faut pour déclencher une épidémie (en d’autres termes, la vitesse de déplacement de ceux qui sont infectés, et la durée de la phase non infectieuse), on peut faire un calcul sur un coin de nappe, et en déduire la distance moyenne qu’on verra entre deux foyers infectieux.

J’ai pris la peine de faire un rapide schéma (script .R sur demande, ça demande 3 secondes d’éxecution) pour illustrer mon propos : en partant d’un point initial de déclenchement de l’épidémie (situé aux coordonnés 0,0), j’ai laissé 100 “agents infectieux” (autrement dit des éléments susceptibles de faire un foyer) marcher de manière aléatoire sur un espace (on voit l’épidémie “de haut”) pendant 48 pas. A chaque pas, on change ses coordonnée x et y en suivant une loi normale centrée, et dont l’écart type détermine la vitesse de déplacement. En bref, chaque “pas” correspond à une heure, et une unité sur ma grille correspond à un kilomètre (grosso modo). J’ai pris trois populations de 100 agents, la verte dispersant peu, la bleue dispersant moyennement, et la rose dispersant beaucoup. Vous pouvez voir le résultat “spatial” dans le cadre de gauche (les cercles sont à resp. 25, 50, et 100 kilomètres du premier foyer), et la distribution des distances entre foyers dans les cadres de droite. Sans surprise, avec des déplacement rapides, on atteint aisément une distance de 200 kilomètres en 48 heures (et rapide ici veut dire environ 5 km/heure, soit moins que la vitesse de marche d’un adulte).

RandomWalk.png

Bref, on peut facilement expliquer comment deux épidémies débutent à quelques centaines de kilomètres de distance dans la même semaine (et avec la même souche de pathogène, aussi).

Sans compter que dans le cas du VIH, on a un temps de latence (asymptomatique mais infectieux) beaucoup plus long que dans le cas d’Ebola, et que les transports aériens associés à la mentalité différente en matière de safe sex dans les premières années de l’épidémie (on remerciera Benoît XVI pour nous faire voyager dans le temps…) expliquent facilement la simultanéité…

Les manips

Maintenant les manips. J’ai bien sûr contacté l’auteur pour demander les protocoles détaillés, et si possible les données. Sans succès, comme vous vous l’imaginez. Très franchement, je me demande ce qu’il a obtenu. J’ai fait la même manip’ sur mon modèle préféré (bactérie-phage) il y a quelques temps (et pour tout vous dire, je l’ai fait une bonne grosse dizaine de fois), et je n’ai pas une fois observé un changement dans la réaction des hôtes aux virus. Et je suis sûr d’avoir utilisé les mêmes ancêtres, avec les mêmes protocoles. Apparemment la mécanique quantique ne s’appliquait pas dans mon cas. Bref, j’ignore ce qui a merdé, mais il y a probablement un biais expérimental. Et si c’est facile de sortir de données de tout orifice naturel de votre choix et de clamer ensuite qu’on va changer la face de la science, il semble apparemment plus difficile de les rendre publiques.

Les accointances avec une actuelle Nobel

Ce qui m’a le plus étonné, finalement, c’est l’argument d’autorité. Non que ce soit quelque chose de surprenant chez les crackpots (son mail était tellement mignon, on sentait que Galilée n’était pas loin!), mais quand même, en matière de virologie, F. Barré-Sinoussi sait plutôt de quoi elle parle.

D’où ma question : a t-elle directement approuvé ces travaux? Réponse de l’auteur : non pas directement, de toute façon elle n’a pas les compétences pour le faire, elle n’en saisit pas bien la portée. M’est avis qu’il a squatté une paillasse à Pasteur, fait sa manip en douce, et que personne ne s’en est rendu compte. C’est comme si je disais que mes résultats de stage avaient été approuvés par un membre de l’Académie des sciences; il était deux bureaux plus loin, mais il n’a pas vu les résultats avant qu’on les présente en conférence…

Pour finir…

Il y a un danger inhérent à ce type de textes. Celui de faire croire aux personnes atteintes par le VIH qu’on peut les soigner, mais que la science “du paradigme” refuse de changer pour accepter la nouvelle théorie qui le permettrait. Aucune découverte n’émergera probablement jamais de ce type de délires, qui flottent entre une interprétation floue des théories évolutives (qu’il propose de réécrire), de la physique quantique, et de bien des choses encore.

Finalement, ça me renforce dans l’idée qu’il faut enseigner dès le plus jeune âge (le lycée me semble indiqué) comment reconnaître une science d’une pseudo-science, et ce qui peut être vrai de ce qui est sans doute faux, et mais surtout qu’il est nécessaire de diffuser de l’information scientifique de fond, pour qu’un jour tout le monde puisse se rendre compte que rien ne tient dans ce genre de “théories” fumeuses.

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Timothée