Poursuivons notre voyage évolutif chez les animaux domestiques. Nous avons déjà parlé ici de quelques signatures génétiques de domestication des moutons et des chevaux. Au tour du chien, dont le processus de domestication reste plein de mystères.
Commençons par ce qui ne fait pas de doutes : le chien descend du loup gris d’Europe, dont il partage l’ADN mitochondrial. La domestication du chien se serait faite entre -40 000 et -15 000 ans quelque part sur le continent eurasiatique (?). Une fois domestiqué, le chien se serait “répandu” sur toute la planète, avec les populations humaines. Ces premiers chiens étaient sans doute des “chiens de village” et n’étaient pas encore soumis à des sélections artificielles fortes, plus récentes, qui ont créé les races que l’on connaît aujourd’hui.
Comme les hommes, on peut s’attendre à ce que la diversité génétique de ces chiens de village reflète les mouvements de migration, suivant la mécanique décrite dans un billet précédent. Rappelons-en sa conclusion : la diversité génétique d’une population locale est corrélée avec sa distance au point d’origine des grandes migrations (où elle est maximale). Ainsi la diversité génétique humaine est-elle maximale dans le continent des Origines, l’Afrique, et minimale dans le continent le plus récemment peuplé, l’Amérique.
Que se passe-t-il pour les chiens ? Et bien, les premières études ont montré que la diversité génétique des chiens était très grande en extrême Orient, suggérant ainsi qu’il s’agissait du lieu de domestication. Mais une nouvelle étude, qui vient de paraître en ligne dans les comptes-rendus de l’académie américaine des sciences (PNAS) vient contester fortement cette conclusion, et suggérerait même une origine… africaine !
Le problème essentiel soulevé par les auteurs de cette nouvelle étude est qu’il y a deux effets qui contribuent à la diversité génétique des chiens. Le premier est l’effet décrit plus haut, dû à la diversité génétique de la première migration. Le second effet trouve son origine dans la sélection récente de races de chiens que l’on connaît. Les chiens de race portent des marqueurs génétiques spécifiques sélectionnés artificiellement. Lorsque ces chiens de race se reproduisent avec des chiens errants, leurs gènes se répandent dans la population de ces chiens de village, et augmentent ainsi “artificiellement” la diversité génétique. On peut donc s’attendre à ce que les chiens errants partout dans le monde présentent un espèce de patchwork de gènes, certains venant de la population de chiens natifs issus de la première migration, d’autres issus des croisements successifs avec les chiens de pure race sélectionnés et amenés plus tard par les hommes. Il faut donc être très soigneux pour distinguer ces deux types de diversité génétique, et c’est ce qu’ont essayé de faire Adam Boyko et ses collaborateurs dans ce nouvel article.
En utilisant comme référence extérieure une population de chiens porto-ricains, issus uniquement de croisement nouveaux de chiens de race, Byoko et al. sont capables de quantifier dans chaque population de chiens quelle part du génome provient des chiens de la toute première migration (chiens qualifiés de natifs) et quelle part provient du croisement plus récent avec les chiens de race.
A l’appui d’une autre étude, ils suggèrent d’abord que la diversité génétique forte en Asie pourrait être davantage due au deuxième effet (venant du croisement avec les races récemment créées). Au contraire, dans les populations de chiens africains, il y a relativement peu de gènes provenant des races sélectionnées artificiellement : ces chiens seraient environ à 70% “natifs”. Et surprise : sur ces chiens natifs, la diversité génétique est comparable à ce qu’on observe en extrême Orient.
Cela rend le problème complètement ouvert : Byoko et al. suggèrent qu’il n’y a pas de gradient clair de diversité génétique dans le monde, ce qui rend la localisation de la première domestication du chien difficile. Il est possible qu’après la première domestication du chien, celui-ci aurait pu se répandre très rapidement. Cependant, sur la base de leur étude plus complète, ils semblent penser que l’origine du chien serait africaine. Dans tous les cas, d’autres études semblent être nécessaires pour comprendre où s’est produite la première rencontre entre l’homme et son plus fidèle compagnon.
Note finale carnet-rose : les trois premiers auteurs de ce papier portent le même nom, ce qui est du jamais vu en ce qui me concerne. La raison est que Adam Boyko, le premier auteur, a demandé à son frère et à sa belle-soeur de collecter certains échantillons de sang des chiens africains qui on servi dans cette étude … lors de leur voyage de noce en Egypte !
Référence :
Boyko et al, Complex population structure in African village dogs and its implications for inferring dog
domestication history, PNAS, 2009
