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Le dinosaure et le poulet

Le magazine Wired revient dans son numéro de juillet sur la controverse scientifique récente concernant la parenté entre T-Rex et poulet, sorte de Dallas scientifique ayant alimenté les pages de la revue Science depuis 2007.
Tout commence donc en Avril 2007 : John Asara, Mary Schweitzer et leurs collaborateurs publient un article décrivant l’analyse des protéines [suite…]

dino2.1246846689.gifLe magazine Wired revient dans son numéro de juillet sur la controverse scientifique récente concernant la parenté entre T-Rex et poulet, sorte de Dallas scientifique ayant alimenté les pages de la revue Science depuis 2007.

Tout commence donc en Avril 2007 : John Asara, Mary Schweitzer et leurs collaborateurs publient un article décrivant l’analyse des protéines contenues dans un fémur de T-Rex vieux de 68 millions d’années. Ils montrent en particulier que les protéines de collagène de cet os sont très proches de celles des os des oiseaux. Ce serait donc une preuve directe de ce qu’on soupçonne depuis quelques années déjà : que les oiseaux sont les descendants des dinosaures (voir sur le sujet l’excellente série de l’ami Taupo sur ce blog).

La découverte fait évidemment la une des journaux et la réputation des auteurs de la publication. Le New York Times écrit ainsi que la découverte “ouvre la porte de la comparaison des relations moléculaires entre les animaux disparus”, ce qui est incontestablement une nouvelle façon d’étudier l’évolution.

Cependant, cette publication déchaîne les foules. Trois papiers la contredisant, dont deux dans Science paraissent en 16 mois. Comme disent les critiques, “des découvertes extraordinaires doivent être soutenues par des preuves expérimentales extraordinaires”, d’autant que les protéines découvertes sont 100 fois plus vieilles que n’importe quelle protéine séquencée.

L’un des plus fervents détracteurs de ces travaux s’appelle Pavel Pezner, un célèbre bioinformaticien. Détail important : Pezner était l’un des arbitres (referees) du papier original, et l’avait rejeté. Science avait donc décidé de passer outre son avis pour le publier, de façon probablement injustifiée, on verra pourquoi. Pezner parvient cependant à faire publier un article très caustique, toujours dans Science, en aout 2008, détruisant le papier initial (notez le très long délai, laissant présager une bataille féroce pour la publication).  Son argument est statistique : Pezner compare Asara et ses collaborateurs à des scientifiques observant des singes jouant avec des machines à écrire, les voyant écrire par hasard 7 mots ayant un sens, et publiant un article intitulé “mon singe connaît l’orthographe”. Pezner pense que la masse de données n’ayant aucun sens est probablement plus importante que la masse de données apparemment significatives, autrement dit que Asara et al. ont publié essentiellement une fluctuation statistique. Et de fait, Asaraet al. n’avaient pas rendu toutes leurs données publiques, ce qui empêche toute comparaison fiable.

Asara commet alors une erreur : au coeur de la polémique, il refuse d’abord de rendre ses données originales publiques, se plaçant ainsi en porte-à-faux de la communauté scientifique. Devant le tollé (la transparence en science se devant d’être maximale), il finit par changer d’avis et publie les 48216 spectres de l’étude originale.

En moins de deux semaines, deux scientifiques, Martin McIntosh et  Matthew Fitzgibbon téléchargent les spectres et réanalysent les données. Premier tournant dans l’affaire : ils découvrent alors bel et bien un signal, seulement Asara ne l’avait pas vu dans l’étude original. Ce signal correspond … à une protéine d’hémoglobine d’autruche !

Au lieu de confirmer les résultats d’Asara et al., cela ne fait que renforcer la suspiscion chez certains. Car il se trouve que quelques années auparavant, Asara avait travaillé sur l’autruche justement. D’où l’idée que les échantillons de T-Rex auraient pu être purement et simplement contaminés par des échantillons ultérieurs…

Parole à la défense. Asara maintient ses résultats pour les raisons suivantes :

  • d’abord, il a renforcé ses propres résultats en les faisant réanalyser avec un algorithme différent, et il a retrouvé la même chose
  • ensuite, le travail de McIntosh a en réalité plus plombé la critique de Pezner que le travail original. Car en retrouvant un signal, McIntosh a de fait montré que les données étaient utilisables. Donc la critique de Pezner tombe d’elle-même ; Pezner lui-même a fini par reconnaître qu’au moins deux des peptides analysés par Asala et al. étaient valides. Peut-être aurait-il fait mieux de réfléchir à deux fois avant de parler de “singes qui connaissent l’orthographe”
  • Donc reste à savoir si le signal trouvé pourrait provenir d’une contamination. Asara fait alors remarquer qu’un an et demi s’est écoulé entre l’étude sur l’autruche et l’étude sur le T-Rex. 18 mois pendant lesquels il a fait … 1500 analyses avec le même dispositif. Pas une des ses analyses, pas un des contrôles, n’a détecté des protéines d’autruche. Par ailleurs, les autruches étudiées autrefois par Asara ont une hémoblogine différente de celle découverte par McIntosh dans les données. Au final, Science a d’ailleurs rejeté le papier proposé par McIntosh sur cette controverse pour cette raison.

Asara estime donc avoir apporté suffisamment d’eau à son moulin à ses détracteurs. Il estime avoir fait toutes les validations possibles et inimaginables. Et la cerise sur le gâteau est venue en Mai dernier, toujours dans Science . Asara et Schweitzer ont reproduit la même étude, mais sur un os de hadrosaure de 80 millions d’années. Chat échaudé craignant l’eau froide, ils ont déployé cette fois un luxe de précaution pour éviter toute contamination potentielle, gardant un environnement stérile de A à Z. Ils ont utilisé une machine plus précise pour l’analyse spectrale, une méthode statistique conseillée par Pezner, ont publié la totalité des donnés immédiatement. Et au final, ils ont retrouvé que le collagène d’hadrosaure était bien proche de celui des oiseaux d’aujourd’hui. Mieux : ce collagène était encore plus proche de celui des T-Rex de la première étude !

Qu’en conclure ? Sur l’aspect scientifique, espérons que les résultats continuent de se confirmer, et admirons les conclusions potentielles. Effectivement, arriver à comparer ainsi les espèces disparues est une avancée capitale, et permet encore d’affiner notre connaissance de l’évolution.

L’aspect sociologique est tout aussi passionnant. Au final, Asara et al. reconnaissent implicitement que leur analyse statistique de départ n’était pas assez fiable, les critiques de Pezner étaient valides. Cela n’a pas empêché Science de passer outre et de publier le premier article, puis ensuite le commentaire saignant de Pezner. On devine le désir de spectaculaire de Science lors de la publication du premier article, et le fait qu’ils ont été très gêné aux entournures rétrospectivement pour laisser passer une critique avec des termes inhabituellement violents. Ce qui est bien dans cette histoire est que le tout a été fait publiquement, via la revue scientifique qui assure la bonne tenue des débats grâce au principe de la revue par les pairs. Cependant, au final, il semble bien que même si la méthode de départ n’était pas fiable, les résultats d’Asala et al. ont survécu à toutes les objections, et semblent justes. Jusqu’à la prochaine contestation de la communauté. C’est ça aussi, la science.

À propos de l'auteur

Tom Roud

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