Rififi chez les bioinformaticiens : peut-on tout critiquer sur tous les tons ?

Un billet forcément trop court pour rendre compte d’un débat important et très animé qui a eu lieu ces deux dernières semaines, sur le blog de Lior Pachter, le même qui avait déclenché le débat sur les méthodes utilisées en bioinformatiques en fin d’année dernière. Dans une série de trois billets (The network nonsense of […]
Continue reading

Darwin day : de l’importance de la biologie évolutive pour comprendre les génomes et leurs implications médicales

Aujourd’hui c’est Darwin Day ! Bon je n’ai pas le temps de faire un long billet bien documenté (comme ceux-ci sur l’importance des mécanismes autres que la sélection naturelle : Du côté de chez Elysia chlorotica, Webinet des curiosités), mais je vais parler rapidement de l’importance de la biologie évolutive pour comprendre les génomes. Comme […]
Continue reading

Pour mille balles, t’as un génome humain

Announce fracassante cette semaine dans le monde du séquençage d’ADN : la société Illumina, leader du domaine, va commercialiser deux nouvelles machines : le NextSeq 500, qui vise le marché des « petits » clients, et le HiSeq X 10, qui vise au contraire les très gros centres. (Pour le contexte du séquençage ADN moderne, je vous […]
Continue reading

Les méthodes bioinformatiques utilisées en génomique sont importantes #methodsmatter #BigScience

A l’occasion du projet ENCODE, j’ai déjà évoqué les avantages et inconvénients de la Big Science en biologie (billet ENCODE, billets sur critiques d’ENCODE 1 et 2, billet Big Science). Il y a en ce moment un débat très animé sur blogs et Twitter, concernant une question importante sur ces gros projets : les méthodes […]
Continue reading

Notes sur ma semaine en sciences 7

On a fété à Lausanne cette semaine les 15 ans de l’Institut suisse de bioinformatique (SIB). Cet institut permet de fédérer les bioinformaticiens dans toutes les universités suisses, de maintenir des resources bioinformatiques de manière pérenne, notamment des bases de données, et d’assurer la formation continue à la bioinformatique. L’histoire du SIB est intéressante, puisque […]
Continue reading

Sujet science et société sur ENCODE pour nos étudiants

Avec un collègue membre du consortium ENCODE, nous proposons le sujet suivant dans notre cours “science et société” (voir aussi ce billet): En septembre 2012 s’est conclue la phase 2 du projet international ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements), qui vise à construire une liste exhaustive des éléments fonctionnels du génome humain, y compris les gènes […]
Continue reading

La famille de Henrietta Lacks est d’accord pour qu’on utilise le génome HeLa, ce qui pose de nouvelles questions

On a parlé précédemment du séquençage du génome HeLa, qui était à la fois très utile parce qu’il s’agit de cellules très utilisées en biologie moléculaire, génomique, et recherche biomédicale (plus de 76’000 articles publiés), et à la fois problématique éthiquement parce que ces cellules sont dérivées d’une patiente noire américaine dans les années 1950 [...]
Continue reading

Notes sur ma semaine en sciences

Voir précédent billet de notes pour le principe. Peut-être le meilleur article grand public que j’ai lu sur les OGM (en anglais) : article sur PBS (média public américain). C’est basé sur l’interview d’un chercheur en biologie végétale et agronomie qui vient d’une famille de fermiers, et travaille avec des fermiers aux Etat-Unis et en [...]
Continue reading

Notes sur ma semaine en sciences

Je commence une nouvelle formule : il y a régulièrement des choses que j’apprends ou que je vois dans ma semaine de travail, qui feraient de bons billets de blog mais que je n’aurais pas le temps de développer, ou qui seraient juste sympa à partager rapidement avec un public plus large mais sans faire [...]
Continue reading

ADN de Big Foot : comment être critique de la pseudo-science sans être méprisant ?

J’ai été contacté récemment pour donner mon avis sur le séquençage d’ADN de Big Foot (ou Sasquatch), le « yéti » nord américain. A l’époque où ce « résultat » avait été « publié » je n’avais pas réagi, vu qu’il était suffisamment couvert à mon avis par taupo sur le blog Strange Stuff and Funky Things. Les guillemets un peu [...]
Continue reading