EED Vienna 2014 – Amphioxus Satellite Meeting – Day 1

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  La partie ‘la vie d’un chercheur’: Arriver à un colloque de chercheurs, dans les formes de l’art, c’est avec un poil de retard, une valise à la main, et le sens de l’orientation d’une huitre… Bref, tout suant, on arrive enfin à la première étape obligatoire et appréciée du colloque: le ‘registration desk’ (à traduire par ‘la récolte de… Lire EED Vienna 2014 – Amphioxus Satellite Meeting – Day 1 Continue reading

Mon étudiante a eu un prix : Sélection naturelle polygénique du système immunitaire dans l’évolution humaine

Une doctorante que je co-encadre, Joséphine Daub, vient de gagner un prix, et j’en profite pour me vanter et présenter son travail, qui est effectivement excellent et très intéressant. L’idée de départ est de mon collègue Laurent Excoffier, moi je… Read more → Continue reading

Comment utiliser les maths et la génomique à la ENCODE pour mieux comprendre les variations génomiques humaines

J’ai lu récemment un article qui est assez technique, mais dont je voudrais parler ici d’une part parce qu’il m’a beaucoup plu (geek alert), et d’autre part parce qu’il illustre bien je pense deux points intéressants : le pouvoir de… Read more → Continue reading

Résumé grand public de projet « Recherche bioinformatique d’évolution adaptative dans le développement des vertébrés »

Pour mon nouveau projet de recherche dont le financement a été accepté par le Fonds national suisse de la recherche scientifique (SNF), je dois fournir un résumé grand public, en français, allemand ou italien. On va dire français, et je… Read more → Continue reading

Rififi chez les bioinformaticiens : peut-on tout critiquer sur tous les tons ?

Un billet forcément trop court pour rendre compte d’un débat important et très animé qui a eu lieu ces deux dernières semaines, sur le blog de Lior Pachter, le même qui avait déclenché le débat sur les méthodes utilisées en bioinformatiques en fin d’année dernière. Dans une série de trois billets (The network nonsense of […]
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Darwin day : de l’importance de la biologie évolutive pour comprendre les génomes et leurs implications médicales

Aujourd’hui c’est Darwin Day ! Bon je n’ai pas le temps de faire un long billet bien documenté (comme ceux-ci sur l’importance des mécanismes autres que la sélection naturelle : Du côté de chez Elysia chlorotica, Webinet des curiosités), mais je vais parler rapidement de l’importance de la biologie évolutive pour comprendre les génomes. Comme […]
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Pour mille balles, t’as un génome humain

Announce fracassante cette semaine dans le monde du séquençage d’ADN : la société Illumina, leader du domaine, va commercialiser deux nouvelles machines : le NextSeq 500, qui vise le marché des « petits » clients, et le HiSeq X 10, qui vise au contraire les très gros centres. (Pour le contexte du séquençage ADN moderne, je vous […]
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Les méthodes bioinformatiques utilisées en génomique sont importantes #methodsmatter #BigScience

A l’occasion du projet ENCODE, j’ai déjà évoqué les avantages et inconvénients de la Big Science en biologie (billet ENCODE, billets sur critiques d’ENCODE 1 et 2, billet Big Science). Il y a en ce moment un débat très animé sur blogs et Twitter, concernant une question importante sur ces gros projets : les méthodes […]
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Notes sur ma semaine en sciences 7

On a fété à Lausanne cette semaine les 15 ans de l’Institut suisse de bioinformatique (SIB). Cet institut permet de fédérer les bioinformaticiens dans toutes les universités suisses, de maintenir des resources bioinformatiques de manière pérenne, notamment des bases de données, et d’assurer la formation continue à la bioinformatique. L’histoire du SIB est intéressante, puisque […]
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