Les hommes hybrides – conférence

En Avril, j’ai donné une conférence à l’ENS de Lyon : “Les hommes hybrides – des chimphumains à Denisova”.
On y parle d’expériences russes rigolotes mais pas très éthiques, de notre ancêtres qui batifolent avec d’autres espèces d’hominines, et des conséquences que ça a eu sur notre génome. Continue reading

La sélection scientifique de la semaine (numéro 171)

– Le débat sur l’expérimentation animale dans l’Union européenne et son éventuelle interdiction est relancé. – Alors que les djihadistes de l’Etat islamique menacent le site antique de Palmyre, comment des chercheurs syriens ont mis à l’abri… leur réserve de graines … Continuer la lecture

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Chapitre 2 _Médecine Darwinienne : Comment notre assiette dirige notre évolution

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L’Homme est un animal comme un autre (ouh pinaise… grande nouvelle!). Il évolue plus ou moins tranquillement depuis quelques millions d’années, traverse des environnements pas toujours super sympas et qui exercent des pressions sur lui. Le chaud, le froid, l’altitude, tout ça tout ça… Et puis comme tous les animaux il mange de temps en temps. Et ce qu’il met dans son assiette peut parfois représenter l’une de ces pressions… C’est ce que nous allons voir aujourd’hui.

Alors, pourquoi donc refaire un chapitre sur l’adaptation de l’homme à son environnement dans cette série sur la médecine darwinienne ? Surtout quand le copain Léo a déjà fait ça tout bien. J’ai déjà caché la réponse dans l’article précédent (quelque part par ici, je ne sais plus trop où) et je vous reposerai la question un peu plus tard, mais la clef de l’énigme se trouve notamment dans le fait que l’Homme a subit trois grandes révolutions alimentaires, 2 anciennes et une beaucoup plus récente…      La première est liée à l’utilisation du feu pour la cuisson des aliments. La cuisson a plusieurs avantages. D’abord, elle va tuer les parasites qui vivaient jusque là tranquillement dedans en attendant qu’un gentil carnivore les avalent pour l’infecter et poursuivre leur cycle de vie. Elle va aussi détruire la plus part des toxines végétales qui servent de protection aux plantes. En plus de vous éviter une bonne vieille indigestion (ou pire), elle augmente aussi la richesse énergétique des aliments. Par ailleurs, un steak cuit est toujours plus facile à digérer qu’ un bon gros tartare. Enfin, manger cuit représente un gain de temps énorme. On estime que manger et digérer cru mène à des repas et une inactivité digestives qui occupent 42 % du temps quotidien. Ajoutons à cela les 40% de sommeil, il ne reste plus grand chose pour s’occuper de sa petite famille. Avec de la viande cuite, le temps de digestion et de repas passe à 10 %. Largement de quoi aller boire une bière à la caverne du village, de jouer au dinosaure avec le gamin et au docteur avec madame. Ces avantages énergétiques et ce gains de temps ont largement contribué à sélectionner ce comportement de cuisson. Les conséquences dans notre organisme sont multiples aussi. Réduction de la mâchoire et de la taille des dents mais surtout de la taille de notre intestin qui passe de 10m chez nos ancêtres à 6 m pour nous. Mais que faire de toute cette énergie que l’on gagne durant notre développement ou dans la vie de tous les jours ? Certains auteurs proposent qu’elle ait été allouée au développement de notre cerveau, mais aussi à la culture (temps pour faire de l’art) ou même encore que cette adaptation ai permis de voir émerger le partage (si on a trop de bouffe, autant la partager avec d’autres personnes, mêmes si elles ne sont pas liées génétiquement à nous).
 
Ouh Pinaise!
     La seconde révolution est celle liée à l’agriculture et l’élevage. L’exemple classique d’une adaptation à ces pratiques est celui de l’adaptation de certaines populations européennes et africaines à la digestion du lactose. Il a déjà été développé par Léo et je ne reviendrai pas dessus: “Adaptation à la consommation de lait (en étant adulte)“. Mais des phénomènes similaires sont apparus avec notre consommation de céréales. Arrêtons nous une minute pour nous poser une petite question : “une céréale, c’est quoi exactement ?”. C’est une plante (waw!). Dont nous consommons essentiellement les fruits, qui renferment les graines. Sauf qu’une plante n’a pas d’intérêt particulier à se faire bouloter toutes ses futurs bébés, et c’est donc sans grande surprise que pour se protéger, elles les bourrent de nombreuses toxines. Le quinoa contient des saponines (lyse cellulaire), le blé des lectines (diahrrées, vomissement), le soja des génistéines (risque de cancer), … Et alors? personnellement, je ne vomis pas à chaque fois que je mange du blé. C’est une adaptation culturelle (la cuisson des aliments) qui permet de supprimer une grande parti de ces effets indésirables. Par contre, j’ai la peau blanche. Beaucoup plus blanche que mes cousins lointains natifs américains ou asiatiques qui vivent à des latitudes similaires. Comme Léo l’a expliqué, la couleur de la peau blanche est liée à un déficit de vitamine D, synthétisée uniquement lorsqu’il y a assez de soleil. Rien d’étonnant à ce que les populations éloignées de l’équateur ait vu leur peau pâlir au fil des générations puisque sans vitamine D, de sérieux soucis de développement des os apparaissent. Mais pourquoi si blanche? Et quel lien avec le blé ? Dans le blé se trouve une molécule anti-fixatrice de calcium. Les bouffeurs de blés européens doivent donc compenser cette anomalie liée à leur alimentation par un éclaircissement de la peau plus important. Ces différences évolutives liées à l’alimentation vont donc jusqu’à s’inscrire dans notre patrimoine génétique. La preuve avec l’histoire des gourmets des pays asiatiques, capables de manger du piment en souriant lorsque votre bouche vous fait clairement comprendre qu’avec une demi-cuillère de plus elle risque de rendre l’âme. Cette différence (bien qu’accentuée par une habitude culinaire) réside dans une résistance génétique qui bloque les récepteurs à la capsaïcine, la molécule du piment qui vous arrache quelques larmes lorsque vous en mangez trop. Dernier exemple rapide avec le peuple japonais, qui, grâce à une bactérie tranquillement installée dans leur intestin, arrivent à digérer sans sushis plusieurs types d’algues.
 
Courbe démographique de la myopie chez des esquimaux d’Alaska
     La dernière révolution est beaucoup plus récente, et représente l’arrivée d’un nouvel aliment de façon massive dans notre alimentation. Top! Cet aliment mystère était plutôt rare et se trouvait sous forme de fruit ou de miel mais représentait un met réservé aux plus riches. Il est devenu un peu plus commun au XVIII° siècle, lorsque dans les Antilles, les colons blancs se sont mis à en produire (ou plutôt à boire du thé pendant que leurs esclaves produisaient) à partir de plantes du genre saccharum. Au XIX° on estime que sa consommation est environ de 2kg/hab/an, grâce à la culture massive d’un type de betterave. Rien de plus normal d’apprendre qu’au XX° elle est de 37kg/hab/an. Bref, vous l’aurez compris, en deux siècle nous avons donc multipliés par plus de 100 notre consommation moyenne de sucre, certes très rentable en énergie, mais qui risque de causer de petits soucis… Rappelons nous ce qu’il s’est passé lorsque l’Homme s’est mis à cuire la viande (-4m d’intestin, réduction de la machoire,…). Cela n’a pas du se passer de façon aussi mignonne que nous l’avons décrit plus haut, et l’exemple du sucre nous donne un aperçut unique de la façon dont a pu se passer cette transition nutritive. Et effectivement, les conséquences actuelles sont importantes. Un exemple ? la dégénération des cellules de nos yeux, accélérée par la consommation de sucre (il n’en est pas non plus le seul responsable). Cette hypothèse a notamment pu être vérifiée chez les esquimaux qui,  il y environ 30 ans environ, période à laquelle ils se sont mis à manger comme des américains, et à exploser leurs frais d’opticiens (Cordet et al. Acta Ophtalmologica Scandinavica, 2002). Un autre vous est donné ici par (encore lui!) le copain Grasset.      Bon, revenons à notre question de départ:  pourquoi donc refaire un  chapitre (un peu long) sur l’adaptation de l’homme à son environnement dans cette série sur la médecine darwinienne ? Pas de réponse? Désolé de vous décevoir, mais il va encore falloir attendre un peu. Car il y a un dernier petit truc qui vit parmi nous et qui régulièrement vient nous embêter… Nos parasites. Et sans grande surprises, ils ont eux aussi influencés les trajectoires évolutives de nos ancêtres. Les sources à cet article proviennent de 3 conférences données par Alain Froment (directeur de recherche à l’institut de développement), Lluis Qintana-Murci (directeur de recherche au CNRS et à l’institut Pasteur) et Michèle Raymond (Directeur de recherche à l’ISEM). De nombreuses références sont disponibles dans les deux ouvrages de ce dernier et sur un site internet qu’il met à jour de temps en temps.
Perry GH, Foll M, Grenier JC, Patin E, Nédélec Y, Pacis A, Barakatt M, Gravel S, Zhou X, Nsobya SL, Excoffier L, Quintana-Murci L, Dominy NJ, Barreiro LB (2014) Adaptive, convergent origins of the pygmy phenotype in African rainforest hunter-gatherers. Proc Natl Acad Sci U S A. 111(35):E3596-603. – See more at: https://www.pasteur.fr/en/research/genome-genetics/units-groups/human-evolutionary-genetics/publications#sthash.6nvaiiJz.dpuf
“Ouh Pinaise !”
Perry GH, Foll M, Grenier JC, Patin E, Nédélec Y, Pacis A, Barakatt M, Gravel S, Zhou X, Nsobya SL, Excoffier L, Quintana-Murci L, Dominy NJ, Barreiro LB (2014) Adaptive, convergent origins of the pygmy phenotype in African rainforest hunter-gatherers. Proc Natl Acad Sci U S A. 111(35):E3596-603. – See more at: https://www.pasteur.fr/en/research/genome-genetics/units-groups/human-evolutionary-genetics/publications#sthash.6nvaiiJz.dpuf
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Yi qi: Un dinosaure aux ailes de chauve-souris?

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Un nouveau dinosaure à plumes s’ajoute à ceux déjà connus. Mais le nouveau venu, répondant au nom de Yi qi, repousse les limite en terme d’originalité. Voici le premier dinosaure à plumes connu disposant de tiges osseuses soutenant des membranes semblables à celles des ptérosaures et des chauve-souris!

Yi qi: Un dinosaure aux ailes de chauve-souris?

La paléontologie nous a déjà gratifié de nombreuses surprises, et les dinosaures n’ont pas été en reste. Cependant dans le registre du bizarre et de l’inattendu le dernier venu, ayant fait l’objet d’une publication dans la prestigieuse revue « Nature » [1], crève littéralement le plafond! Trêve d’introduction pompeuse, Mesdames et Messieurs je vous présente Yi qi.
Image 1. Reconstitution artistique de Yi qi. Notez que la disposition exacte de la membrane demeure cependant incertaine (voir Image 3).
Que dire? Premièrement bien que le nom binomial attribué à ce spécimen soit en mandarin (Yi = aile et qi = étrange), il est, une fois n’est pas coutume, très facile à retenir et à écrire. Et cela en plus de parfaitement correspondre au spécimen ainsi nommé, c’est le moins que l’on puisse dire! Pour le reste observez le fossile en question (cliquez sur l’image pour agrandir).
Image 2. Fossile du spécimen nommé Yi qi, notez la magnifique conservation des plumes.

Magnifique n’est-il pas? Franchement qu’avons nous de plus étrange à ce jour qu’un dinosaure à plumes doté d’une tige osseuse semblable à celle des ailes des chauves souris, des ptérosaures et même à celles des membres antérieurs d’écureuils volants tels que Petaurista leucogenys? Car oui comme le montre le diagramme ci-dessous, cet étrange dinosaure devait disposer d’une membrane semblable aux animaux susmentionnés. Bref Yi qi, était un dinosaure à plumes ne volant (ou planant), non pas grâce ses dites plumes, mais bel et bien grâce à des membranes semblables à celles de nos chauves-souris!

Image 3. a, b et c: Trois possibles dispositions de la tige osseuse et de la membrane que devait soutenir cette dernière. d: Aile de chauve-souris. e: Aile d’oiseau. f: Aile de ptérosaure. g: Membrane de l’écureuil volant Petaurista leucogenys.

À partir de là il n’y a pas grand chose à ajouter, si ce n’est que, comme le montre les schémas ci-dessus, la disposition de la tige osseuse et de la membrane que devait soutenir cette dernière, demeurent incertaines. Donc prudence sur la disposition de la membrane. Enfin notons que Yi ki a été classé non sans raison dans le clade des Scansoriopterygidae (Image 4), clade comprenant déjà le très original Epidexipteryx hui.
Image 4. Phylogénie simplifiée des Coelurosauria et plus exactement de Paraves, montrant la position phylogénétique attribué à Yi qi au sein de ce clade. Notons que cette phylogénie est toujours susceptibles de possibles modifications.

Dernière remarque, hormis d’être à ce jour le seul dinosaure connu à disposer de pareilles tiges osseuses, il est peu probable qu’il s’agisse d’un ancêtre des oiseaux. En revanche ce dinosaure atypique montre que les Maniraptoriens ont expérimenté différentes évolutions pour un mode de déplacement similaire, à savoir le vol, ou tout du moins le vol plané. Alors que certains tels que Archaeoptéryx, Microraptor gui puis les oiseaux à proprement parler, développèrent des rémiges élaborés ; d’autres Maniraptoriens développèrent des membranes (soutenues entre autre par une tige osseuse ou cartilagineuse) semblables à celles des Chauves-souris et des Ptérosaures!
Décidément les dinosaures n’ont pas fini de nous surprendre!
Référence:

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Du Hip-Hop et de la Science!


(DIGITAURA/FLICKR/CC)

Quand on pense au Hip-Hop, on s’imagine être entouré de grosses cylindrées et d’une demi-douzaine de strip-teaseuses, mais surement pas de livres de ScienceEt pourtant … Bien au delà des 50 cents et autres Snoop Dogg (lion …),  il existe un rappeur qui s’est dit que ça serait une bonne chose que d’utiliser le Hip-Hop pour propager la culture scientifique!


Darwin on the MIC

Big ups to Darwin!
Baba Brinkman est un rappeur un peu différent des autres. Quand d’autres préfèrent parler de leur amour des femmes, lui se lance dans un savant mélange de Hip-Hop et de Darwinisme. Tout commence en 2008, lorsque Baba rencontre le Dr Mark Pallen lors de sa tournée au Royaume-Uni. Mark est à ce moment là en train de préparer son Rough Guide To Evolution, et, en amoureux inconditionnel de Hip-Hop, demande à Baba s’il pourrait accompagner son guide de l’évolution avec un peu de musique qui vient de la rue. Baba, passionné de Science se dit pourquoi pas!

De cette collaboration improbable né le Rap Guide To Evolution , qui devient le premier album de Hip-Hop “peer-reviewed” (les paroles ont été soumises à la critique de Mark Pallen et de  plusieurs biologistes).

Cet album, c’est un peu comme si Jay-z voulait te faire le cours de biologie évolutive en live 

Baba le dit lui-même dans Hypnotize, il a passé son temps à écouter Kanye West, Nas et Jay-z en lisant Richard Dawkins (“Cause I’ve been listenin’ to Kanye, Nas and Jay while reading Richard Dawkins“).
Et tout  y passe, l’ADN, la sélection artificielle, mais aussi notre origine africaine commune ou encore la psychologie évolutive. Et c’est bon, même très bon! Mention spéciale pour l’hilarante Creationist Cousins (n’oubliez pas les sous-titres):


Creationist Cousins – Baba Brinkman


Baba a toujours été passionné par la Science et surtout la théorie de l’évolution. Il voit notamment une analogie entre la sélection naturelle et la compétition entre les rappeurs pour atteindre la consécration et passer à la radio. Selon lui, le concept de sélection naturelle peut être résumé par cette citation de Pras des Fugees sur l’album The Score: “Too many MCs, not enough mics“. Remplacez MCs par individus et mics par ressources et Darwin est là! Pour Baba, si les individus ne sont jugés que sur leur aptitude à se reproduire et survivre, les rappeurs ne le sont que sur leur succès.

Darwin se met à la musique…

Évolution darwinienne de la musique de la génération N à N +1.
 
(Crédit: Robert M. MacCallum, Matthias Mauch, Austin Burt, Armand M. Leroi / PNAS)
Si la sélection naturelle fait rage parmi les artistes, d’autres scientifiques se sont dit que l’évolution de la musique devait elle aussi suivre les mêmes règles! Dans un article publié dans PNAS en 2012, MacCallum et ses collègues se sont demandé si la musique pouvait être issue d’une simple sélection darwinienne (culturelle) exercée par l’Homme sur le son. Pour y répondre, ils ont construit un programme informatique qui génère aléatoirement une population darwinienne de boucles audio de 8 secondes se reproduisant par deux à chaque génération. Leur particularité? Les internautes étaient invités à dire ce qu’ils pensaient des boucles à chaque génération (de “insupportable” à “j’adore”). Les boucles conservées à la génération suivante étaient issues de la “reproduction” de deux boucles ayant eut les meilleures notes. Dans cette expérience, les gènes étaient représentés par les caractéristiques des boucles: le rythme, les instruments utilisés, les notes, etc …

Au final, au bout de 2513 générations et l’oreille cobaye de 6931 internautes, le programme évolua de simples boucles audio aléatoires vers de la musique! Même plus, la musique finale était dominée par les instruments à cordes et avait une rythmique comparable à ce qui se fait actuellement. Notez bien que les chercheurs ont réussi l’exploit de parvenir à une forme de musique (avec ses codes) sans qu’aucun but artistique ne guide leur création, seulement la sélection darwinienne! Fort de leur succès, MacCallum et ses collègues ont relancé l’expérience sur leur site web Darwin Tunes The survival Of The Funkiest. N’hésitez pas à aller écouter l’évolution de la musique (de 0 à 8700 générations) sur Sound Cloud. C’est pas tous les jours que l’on peut écouter de la Science!

Revenons à notre rappeur darwinien

Baba, qui vient de publier un article dans la revue scientifique Evolution (Darwin on The MIC), ne s’est pas arrêté à l’évolution. En effet, on peut trouver dans sa discographie, un rap guide to medecine , un autre sur le business ou encore un sur les religions. Exaspéré par les pseudo-sciences en vogue aux USA, Baba produit même en 2010 son Rationalist Anthem (Hymne au rationalisme), inspiré d’une chanson de Jay-Z dans l’album The Blueprint3.

Bref, Baba c’est l’alliance aussi improbable que géniale de la musique de la rue avec la Science. Baba, c’est l’occasion de faire dire à TupacOnly Darwin can judge me“!


Natural Selection – Baba Brinkman

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Du Hip-Hop et de la Science!

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singe mélomane

(DIGITAURA/FLICKR/CC)

Quand on pense au Hip-Hop, on s’imagine être entouré de grosses cylindrées et d’une demi-douzaine de strip-teaseuses, mais surement pas de livres de ScienceEt pourtant … Bien au delà des 50 cents et autres Snoop Dogg (lion …),  il existe un rappeur qui s’est dit que ça serait une bonne chose que d’utiliser le Hip-Hop pour propager la culture scientifique!


Darwin on the MIC

Big ups to Darwin!
Baba Brinkman est un rappeur un peu différent des autres. Quand d’autres préfèrent parler de leur amour des femmes, lui se lance dans un savant mélange de Hip-Hop et de Darwinisme. Tout commence en 2008, lorsque Baba rencontre le Dr Mark Pallen lors de sa tournée au Royaume-Uni. Mark est à ce moment là en train de préparer son Rough Guide To Evolution, et, en amoureux inconditionnel de Hip-Hop, demande à Baba s’il pourrait accompagner son guide de l’évolution avec un peu de musique qui vient de la rue. Baba, passionné de Science se dit pourquoi pas!

De cette collaboration improbable né le Rap Guide To Evolution , qui devient le premier album de Hip-Hop “peer-reviewed” (les paroles ont été soumises à la critique de Mark Pallen et de  plusieurs biologistes).

Cet album, c’est un peu comme si Jay-z voulait te faire le cours de biologie évolutive en live 

Baba le dit lui-même dans Hypnotize, il a passé son temps à écouter Kanye West, Nas et Jay-z en lisant Richard Dawkins (“Cause I’ve been listenin’ to Kanye, Nas and Jay while reading Richard Dawkins“).
Et tout  y passe, l’ADN, la sélection artificielle, mais aussi notre origine africaine commune ou encore la psychologie évolutive. Et c’est bon, même très bon! Mention spéciale pour l’hilarante Creationist Cousins (n’oubliez pas les sous-titres):


Creationist Cousins – Baba Brinkman


Baba a toujours été passionné par la Science et surtout la théorie de l’évolution. Il voit notamment une analogie entre la sélection naturelle et la compétition entre les rappeurs pour atteindre la consécration et passer à la radio. Selon lui, le concept de sélection naturelle peut être résumé par cette citation de Pras des Fugees sur l’album The Score: “Too many MCs, not enough mics“. Remplacez MCs par individus et mics par ressources et Darwin est là! Pour Baba, si les individus ne sont jugés que sur leur aptitude à se reproduire et survivre, les rappeurs ne le sont que sur leur succès.

Darwin se met à la musique…

Évolution darwinienne de la musique de la génération N à N +1.
 
(Crédit: Robert M. MacCallum, Matthias Mauch, Austin Burt, Armand M. Leroi / PNAS)
Si la sélection naturelle fait rage parmi les artistes, d’autres scientifiques se sont dit que l’évolution de la musique devait elle aussi suivre les mêmes règles! Dans un article publié dans PNAS en 2012, MacCallum et ses collègues se sont demandé si la musique pouvait être issue d’une simple sélection darwinienne (culturelle) exercée par l’Homme sur le son. Pour y répondre, ils ont construit un programme informatique qui génère aléatoirement une population darwinienne de boucles audio de 8 secondes se reproduisant par deux à chaque génération. Leur particularité? Les internautes étaient invités à dire ce qu’ils pensaient des boucles à chaque génération (de “insupportable” à “j’adore”). Les boucles conservées à la génération suivante étaient issues de la “reproduction” de deux boucles ayant eut les meilleures notes. Dans cette expérience, les gènes étaient représentés par les caractéristiques des boucles: le rythme, les instruments utilisés, les notes, etc …

Au final, au bout de 2513 générations et l’oreille cobaye de 6931 internautes, le programme évolua de simples boucles audio aléatoires vers de la musique! Même plus, la musique finale était dominée par les instruments à cordes et avait une rythmique comparable à ce qui se fait actuellement. Notez bien que les chercheurs ont réussi l’exploit de parvenir à une forme de musique (avec ses codes) sans qu’aucun but artistique ne guide leur création, seulement la sélection darwinienne! Fort de leur succès, MacCallum et ses collègues ont relancé l’expérience sur leur site web Darwin Tunes The survival Of The Funkiest. N’hésitez pas à aller écouter l’évolution de la musique (de 0 à 8700 générations) sur Sound Cloud. C’est pas tous les jours que l’on peut écouter de la Science!

Revenons à notre rappeur darwinien

Baba, qui vient de publier un article dans la revue scientifique Evolution (Darwin on The MIC), ne s’est pas arrêté à l’évolution. En effet, on peut trouver dans sa discographie, un rap guide to medecine , un autre sur le business ou encore un sur les religions. Exaspéré par les pseudo-sciences en vogue aux USA, Baba produit même en 2010 son Rationalist Anthem (Hymne au rationalisme), inspiré d’une chanson de Jay-Z dans l’album The Blueprint3.

Bref, Baba c’est l’alliance aussi improbable que géniale de la musique de la rue avec la Science. Baba, c’est l’occasion de faire dire à TupacOnly Darwin can judge me“!


Natural Selection – Baba Brinkman

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LisezLaScience – 13 – Une Histoire de Tout ou Presque de B. Bryson avec Sébastien Carassou

Aujourd’hui, épisode un peu spécial car je vais aborder le livre « Une Histoire de tout ou presque » en compagnie de Sébastien Carassou. Doctorant en astrophysique à l’Institut d’Astrophysique de Paris, auteur du blog « Le Sens of Wonder », un des principaux fondateurs du Collectif Conscience, et du compte Twitter En Direct Du Labo, il est plein…

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LisezLaScience – 13 – Une Histoire de Tout ou Presque de B. Bryson avec Sébastien Carassou

Aujourd’hui, épisode un peu spécial car je vais aborder le livre « Une Histoire de tout ou presque » en compagnie de Sébastien Carassou. Doctorant en astrophysique à l’Institut d’Astrophysique de Paris, auteur du blog « Le Sens of Wonder », un des principaux fondateurs du Collectif Conscience, et du compte Twitter En Direct Du Labo, il est plein…
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