La parole est à Médor

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dogs understand us
S’il y a bien un sujet sur lequel les propriétaires de chats et de chiens sont intarissables, c’est lorsqu’il s’agit de narrer l’immense complicité qu’ils vivent avec leur mascotte. A les écouter, leur animal comprend tout et sait se faire comprendre. Evidemment ils manquent d’objectivité mais le sujet intéresse beaucoup les chercheurs en éthologie car il … … Lire la suite

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La sélection scientifique de la semaine (numéro 122)

- Créer de la matière à partir de lumière, c’était prévu par la théorie et cela devrait bientôt être mis en pratique. Juste pour le plaisir de pouvoir écrire “Que la lumière soit et la matière fut”… – Des bactéries … Continuer la lecture

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La sélection scientifique de la semaine (numéro 122)

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Résumé grand public de projet « Recherche bioinformatique d’évolution adaptative dans le développement des vertébrés »

Pour mon nouveau projet de recherche dont le financement a été accepté par le Fonds national suisse de la recherche scientifique (SNF), je dois fournir un résumé grand public, en français, allemand ou italien. On va dire français, et je… Read more → Continue reading

Qui mangeait qui il y a 500 millions d’années

Ils sont partout. Dans les airs, dans les mers, sur terre. Qui ? Les arthropodes. Insectes, mille-pattes, crustacés, arachnides, ils ont connu un succès remarquable dans l’histoire du vivant et ce depuis l’apparition des premiers animaux. Pour nous en convaincre … Continuer la lecture

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Des géants post-cataclysmiques ?

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mer trias
  Ça vous évoque une scène de Nausicaa ? Non, il n’est pas question ici de causer du cataclysme imaginé par Hayao Miyazaki et des aventures d’une jolie princesse amie d’Omous.  Le thème du jour est l’extinction de masse qui s’est produite il y 252 millions d’années, à la limite Permien – Trias. Elle fut [...]
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La sélection scientifique de la semaine (numéro 119)

- C’était attendu. C’est fait. Des chercheurs sont parvenus à reprogrammer des cellules adultes en cellules souches embryonnaires, ce qui ouvre la voie au clonage thérapeutique mais aussi la perspective d’un grand débat éthique puisqu’on est du même coup dans … Continuer la lecture

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Construire un doigt

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F2
C’est sans doute très péniblement que sortirent de l’onde pour s’avancer sur la terre ferme d’aventureux poissons dressés sur ce qui n’était jusque-là que les rayons de leurs nageoires. Cela s’est passé voici plus de 350 millions d’années, au Dévonien. Mais ce n’est que depuis peu que quelques esprits curieux ont l’esprit taraudé par cette [...]
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Le retour vers le futur du gros pachyderme et autres bestioles à plumes ou à cornes

Oui, le titre est naze. Mais je refuse de donner un titre à cet article avec “Jurassic Park” ou même “Jurassic” ou même “park” dedans… Imaginez-vous, un titre du genre “Jurassic Park pourrait bien un jour devenir réalité” TATATAAAAM. Beurk. Trop prévisible. Déjà fait. Vraiment nul. Et puis les dinosaures on en entend parler assez souvent. Trop si vous voulez mon avis. Et puis il n’est pas question de dinosaures dans ce post. Donc. Le retour vers le futur du gros pachyderme et autres bestioles à plumes ou à cornes. (elle insiste en plus, la meuf). C’est vague non?
Ok. On va commencer par une devinette. Quel est la seule espèce (de tous les temps de la vie sur Terre) qui s’est éteinte deux fois? (Indice: elle a des cornes) Réponse:
Capra pyrenaica pyrenaica, le bouquetin des Pyrénées!
C’est la seule image que j’ai trouvé… il doit bien y avoir des photos quelque part, parce qu’il y en avait jusqu’en 2000 dans les Pyrénées, de ces animaux-là, mais bon ça doit être une convention implicite de ne représenter les espèces éteintes que par des dessins douteux… surement pour ajouter du tragique à tout ça. Source: Wikipedia.
Voilà, donc je m’explique, après avoir semé le trouble dans l’esprit de certains d’entre vous:
Il ne restait en 2000 plus qu’une seule femelle de bouquetin des Pyrénées. Elle s’appelait Celia, et un jour, malgré l’attention constante des biologistes locaux, elle est morte. Ecrasée par un arbre. (Hé les cancres du fond là je vous voie rire, C’EST PAS DROLE). Extinction numéro 1.
Les biologistes qui la suivaient avaient au préalable prélevé un échantillon de l’oreille de Celia, et le conservaient bien au froid au “frozen zoo” de San Diego, California, USofA. Le frozen zoo, c’est juste un grand congélo avec dedans plein de tissu cellulaires congelés, de plein d’animaux rigolos (pas genre ceux que vous avez dans votre congélo, bien plus rigolos.). Souvent ce sont des bout d’espèces en danger, qu’on garde dans le frozen zoo. Pour le bouquetin des Pyrénées, donc, on a pu  en 2003 cloner Célia à patir d’une cellule de ses tissus congelés, avec gestation prise en charge par une chèvre (commise d’office).
J’ai pas de source, c’est un imprimécran d’un Ted Talk de Stewart Brant, 2013 (oui, j’ai honte).
Le petit bouquetin a vécu 7 minutes, il est mort d’anomalies pulmonaire (fréquent chez les animaux clonés). Extinction numéro 2. (la chèvre va bien, merci.) Donc oui, par clonage, on peut ramener à la vie une espèce éteinte, pour peu qu’on aie des tissus congelés et qu’on puisse utiliser des mères porteuses d’une espèce assez proche. Donc j’insiste, pas de T-Rex ici. Mais au fait Jamie, le clonage, comment ça marche? Vous vous souvenez de Dolly la brebis? Pareil.
Le clonage, grosso modo. Maintenant on arrive même à créer un foetus à partir d’un cellule somatique (une cellule de n’importe quelle partie du corps, à condition qu’elle ne soit pas encore trop spécialisée). On arrive à donner à cette cellule les propriétés d’une cellue-oeuf, et de cette manière on n’a pas à utiliser l’ovule de la mère porteuse. Source de l’image: moi et mes extraordinaires talents Powepoint.
C’est la méthode du clonage qui serait utilisée pour ramener le mammouth laineux à la vie, aussi, vu qu’il existe des cellules viables sur des individus morts depuis 4000 ans! Sidérant, n’est-ce-pas? La mère porteuse serait… un éléphant d’Asie. C’est pas gagné. Mais les généticiens à l’oeuvre y croient dur comme ferme. Bon, et si on n’a pas de cellule intacte de l’espèce qu’on veut ramener à la vie, c’est fichu? Non. Il y a deux autres méthodes de dé-extinction. La plus naturelle de toutes, le rétrocroisement (back-breeding, comme diraient nos amis ango-saxons).
C’est ce qu’on veut utiliser pour ramener à la vie l’auroch, espèce éteinte au 17ème siècle. L’auroch (Bos primigenius), c’est l’espèce sauvage à partir de laquelle on a obtenu la vache. L’humain, indépendament en Inde et en Eurasie, a transformé cette espèce au cours des millénaires d’élevage, en sélectionnant génération après génération les individus ayant les propriétés désirées: forte production de lait et viande, placidité,…).
Un auroch, dessiné à partir d’une peinture. Voyez, sans vouloir offenser le dessinateur, c’est assez approximatif. Mais bon on voit comment la bestiole est récupérable à partir de vaches judicieusement choisies. (Note: Non, les aurochs n’étaient pas des gros cochons velus avec les défenses sur la tête comme dans le film Beasts of the Southern Wild. Zallez quand même pas prendre pour référence la représentation mentale d’un personnage de film de 6 ans dont l’unique professeur a des connaissances plus que douteuses en biologie. Mais enfin que voulez-vous, c’est le bayou. Je recommende le film cependant. Génial. Vraiment. Yavait une parenthèse à fermer? Ah oui. Voila.)
Donc le principe, c’est un peu de rembobiner en accéléré: le génome de l’auroch est dispersé un peu partout dans les différentes races de vaches. reconstituer le puzzle de l’auroch consisterait à faire s’accoupler les vaches qui ont un ou plusieurs traits physiques de l’auroch et sélectionner à chaque générations les vaches qui ont conservé la bonne combinaison de traits physiques, jusqu’à obtenir des animaux qu’on pense être assez proche de l’auroch pour être appelés tels. Le rétrocroisement ne peut donc s’utiliser comme méthode de dé-extinction que dans le nombre de cas restreints où de nombreuses espèces ou races similaires existent toujours et peuvent être facilement croisées. Cette configuration ne se retrouvera quasiment que dans les espèces domestiquées. Donc ici aussi, le diplodocus on se le garde sous le coude. La dernière méthode de dé-extinction, la plus tarée: le “genome editing”. Celle qui demande le plus d’efforts. Celle qui donne le plus de libertés aussi. Celle avec laquelle on crée des séquences d’ADN….à partir de rien.
Mais là non plus, on en est pas au brontosaurus. On va plutôt parler du pigeon voyageur, espèce qui à elle seule obscurcissait le ciel Nord-Américain au 19ème siècle à la période de migration, et qui a été exterminée en un temps record par les colons européens. Oui, le genome editing, c’est la méthode la plus folle, difficile, créative, hautement casse-gueule, et oui, on va l’utiliser pour… un pigeon. Eh bien messieurs-dames, quoi qu’on en dise, je trouve ça beau. C’est tout simplement un bel hommage à Darwin, qui, malgré l’image que l’on a de ce bonhomme (aventurier chassant l’iguane et dessinant des pinsons tout en chevauchant une tortue des Galapagos) était finalement plus qu’autre chose un geek obsédé par l’élevage des pigeons dans son garage et par les cirripèdes les pieds dans la vase. Ca vous en bouche un coin.
Donc. Le pigeon.
Le pigeon migrateur (Ectopistes migratorius), éteint en 1914. Source: Wikipedia
 Son génome a déjà été séquencé à partir d’ADN d’un spécimen de museum. L’idée est de comparer ce génome à celui du pigeon à queue barrée (Patagioenas fasciata) et “remplacer” les parties d’ADN différentes par celles du pigeon migrateur. Ce “remplacement” se fait par addition directe d’éléments à la molécule d’ADN (c’est cette partie qui est la plus folle technologiquement, d’où les guillemets qui traduisent mon éberluement). Une fois que c’est fait, de la même manière que par clonage, on induit des divisions cellulaire et on laisse une femelle de Patagioenas fasciata faire le boulot. Donc on récapitule: 3 méthodes pour ramener un individu d’une espèce éteinte à la vie:
  • le clonage (nécessite une cellule à noyau intact et une mère porteuse)
  • le rétrocroisement (nécessite des espèces ou races proches à croiser entre elles)
  • le genome editing (nécessite la séquence complète de l’espèce éteinte et d’un espèce vivante très similaire + une machine à faire de l’ADN + une mère porteuse de l’espèce similaire en question)
Il y a quand même de nombreux problèmes à ces techniques. Primo, aucune de ces techniques n’a vraiment fait ses preuves sur une espèce éteinte. Mais bon, c’est une question de temps. Et d’argent. Si les fonds privés continuent à affluer dans les labos d’ingénieurie génétique, ces techniques finiront par être maîtrisées.
Deuxio, pour que ça serve à quelque chose, il faut pouvoir créer un mâle et une femelle. Pour le mammouth par exemple, on n’a pas de mâle en stock. Et puis même si on arrivait à obtenir les deux sexes, on est quand même mal barrés en termes de diversité génétique! Dé-éteindre un individu d’une espèce, ok, mais toute une espèce…? Pour espérer obtenir une population viable, il faut de la diversité génétique. Là on a pas encore trop d’idées.
Tertio, ce qui constitue une espèce n’est pas seulement un groupe de chromosomes. C’est aussi un certain apprentissage, surtout dans le cas des mammifères (pas trop dans le cas des oiseaux). Comment un petit mammouth peut-il devenir mammouth si on ne lui apprend pas ?
Vous avez vu L’Age de Glace 2, quand le mammouth se prend pour un opossum parce qu’elle a grandi avec des opossums. Exemple scientifique irréfutable que ça pose des problèmes de ne pas avoir de parents comme soi.
Bref, la route est longue…
Mais veut-on vraiment la prendre, cette route? Quels seront les effets écologiques et sociaux de ramener des espèces éteintes à la vie? Y a-t-il un bénéfice? Quels sont les risques? A-t-on le droit de le faire? A-t-on le devoir de le faire? 
Et voilà, la partie “techniques” a pris trop de place, je voulais faire succint pour ne pas vous lasser et garder un peu de votre curiosité pour la suite (qui est croustillante!) et j’ai lamentablement échoué. Pourtant je vous assure, j’ai fait un effort. J’aurais pu en rajouter des tartines, sur les techniques. Du coup on fait quoi pour la partie “enjeux écologiques, éthiques, et législatifs”?
Vous êtes las, je le vois bien.
Vous voulez qu’on se la garde pour un prochain post (qui viendra très bientôt c’est promis)?
Allez d’accord, mais restez branchés!
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