Tag Archives: bioinformatique

Notre génome n’est pas fonctionnel à 80% et je reste poli, moi #ENCODE

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Vous vous rappelez d’ENCODE ? Un méga gros projet de caractérisation de la fonction du génome humain, qui a publié ses résultats en septembre. J’en avais causé ici, et il y avait aussi un bon billet sur le blog bioinfo-fr. Comme discuté à l’époque, l’affirmation selon laquelle 80% du génome était supposément fonctionnelle avait causé [...]
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Doit-on montrer le code informatique des scientifiques même s’il est moche ?

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En science on écrit beaucoup de code informatique. On écrit de gros programmes pour traiter plein de données (génomique, résultats du CERN), d’autres gros programmes pour simuler de gros modèles pour quand la réalité est complexe (le climat, les populations humaines), encore des gros programmes pour traiter des données compliquées (des structures cristallographiques). Et on [...]
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Pas si petits, les mammifères du temps des dinosaures ?

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Dimetrodon
On a tous en tête le cliché des mammifères petits comme des souris qui vivent dans l’ombre des mammifères. D’abord, je ne sais pas vous mais moi j’ai toujours en tête les « reptiles mammliens », qui sont aussi nos ancêtres après tout, ne sont pas si ridicules que ça : Mais ça n’est pas de ça [...]
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Accepte ton destin : le geek est fort en toi

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Dans la carrière d’un chercheur interdisciplinaire, il arrive souvent un moment où il faut accepter que l’on a passé une limite invisible, que l’on est autre que ce que l’on pensait devenir quand on a commencé ses études. Peut-être avez-vous étudié la physique, et le temps est-il venu d’accepter que depuis le temps que vous [...]
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#ENCODE : La revanche du retour du fils du génome humain

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En 2001, des équipes de chercheurs ont publié deux versions de la séquence du génome humain. A l’époque on a comparé cela à poser un homme sur la Lune. Rétrospectivement, c’était plutôt Spoutnik : la preuve que c’était possible d’aller là-bas, mais on n’y était pas encore. Cette semaine, un nouveau consortium a publié une [...]
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#ENCODE : La revanche du retour du fils du génome humain

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En 2001, des équipes de chercheurs ont publié deux versions de la séquence du génome humain. A l’époque on a comparé cela à poser un homme sur la Lune. Rétrospectivement, c’était plutôt Spoutnik : la preuve que c’était possible d’aller là-bas, mais on n’y était pas encore. Cette semaine, un nouveau consortium a publié une [...]
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Impact de la bioinformatique : questions / réponses

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Récemment on m’a demandé quelques exemples d’impact de la bioinformatique, et avec la permission de ma correspondante, j’ai décidé de partager l’échange ici (traduit de l’anglais). La question : Je suis confrontée à la tâche difficile d’expliquer ce qu’est la bioinformatique tout en touchant les gens émotionnellement, si possible. Pourriez-vous me donner quelques exemples concrets [...]
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Impact de la bioinformatique : questions / réponses

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Récemment on m’a demandé quelques exemples d’impact de la bioinformatique, et avec la permission de ma correspondante, j’ai décidé de partager l’échange ici (traduit de l’anglais). La question : Je suis confrontée à la tâche difficile d’expliquer ce qu’est la bioinformatique tout en touchant les gens émotionnellement, si possible. Pourriez-vous me donner quelques exemples concrets [...]
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Grandeur et chute de la bioinformatique ? Promesses et progrès

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bioinfo
De manière exceptionnelle, ce billet va consister pour l’essentiel en la traduction d’un article paru dans une revue spécialisée. Il s’agit d’un article d’opinion, écrit par Christos Ouzounis, bioinformaticien grec, qui décrit de manière que je trouve intéressante l’histoire de la bioinformatique, discipline jeune, et de ses relations avec le reste de la biologie. J’ai [...]
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Annoter un gène, un génome, c’est quoi ?

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mistranslations
En réponse aux questions obtuses de JRobinss (ex Julien) sur le billet « conjecture orthologue« , je vais expliquer le mot annotation en contexte de bioinformatique / génomique, et au passage montrer que dans la biologie moderne, les expériences fournissent des données incompréhensibles et inutiles à moins que de bons et nobles bioinformaticiens ne leur donnent du sens. [...]
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