C’est vendredi, c’est journal club
Une fois n’est pas coutume, je vais me fendre d’une analyse toute personnelle d’article. Parce que finalement, malgré beaucoup d’agitation, de débats qui ont éclatés en quelques jours, tout ceci ne tourne qu’autour d’un seul article publié le 20 mai 2010 sur le site de Science. Ou comment les médias s’emballent au sujet d’une histoire qui ne fait parler d’elle que parce que l’Institut en question dispose clairement d’un très bon service presse.
J’annonce tout de suite que vous ne trouverez pas ici de description précise des techniques de microbiologie utilisées pour la synthèse du génome artificiel tout simplement parce que je n’y connais rien, et que je laisse donc ceci sur les épaules de mes collègues.
L’article s’intitule humblement « Creation of a bacterial cell controlled by a chemically synthesized genome ». Les auteurs annoncent tout simplement qu’ils ont créé (et le mot est choisi avec soin) la première cellule synthétique vivante (il s’agit d’ailleurs du titre de l’article du Monde, ce qui confirme la force médiatique du communiqué de presse). L’introduction du papier (en théorie, il s’agit de présenter le contexte) n’est rien d’autre qu’une page entière à la gloire de Craig Venter (en aparté, il doit être sacrément imbu de lui-même, le Craig Venter, pour nommer son Institut avec son propre nom. Bien entendu, mes connaissances ainsi que la lecture de cette introduction m’informent qu’il a fait de grandes choses pour l’avancée de la Science mais j’étais intimement persuadée qu’il était déjà mort puisque c’est en général la seule façon d’avoir son nom sur la façade d’un bâtiment scientifique).
Le travail présenté dans cet article découle de deux approches mises au point par l’équipe et combinées pour obtenir la fameuse cellule. Une première approche consiste à assembler des tronçons d’ADN pour obtenir de longues molécules d’ADN, ce qui a permis d’assembler le susnommé génome synthétique de la bactérie Mycoplasma mycoides en un plasmide centromérique de levure qui va bien. Une seconde méthode a permis de transplanter le génome synthétique depuis la levure (qui a servi d’incubateur pour la synthèse) vers des cellules de Mycoplasma capricolum. Pour moi, la vraie réussite se situe dans ces approches. C’est à confirmer par des spécialistes mais il me semble que manipuler des molécules d’ADN de cette taille, c’est assez balèze.
Donc, en gros, ils ont sélectionné une bactérie (M. mycoides), ils ont synthétisé des bouts d’ADN identiques aux résultats obtenus par le séquençage de cette bactérie, qu’ils ont mis bout-à-bout. Ils ont ensuite transféré le génome vers des cellules réceptacles préparées pour l’occasion (ce qui avait déjà été publié pour le transfert d’un génome bactérien non synthétique en 2009).Alors, oui, les cellules issues de ce transfert sont viables et se divisent, ce qui en soit est déjà une réussite. Mais mon opinion est qu’il ne s’agit pas d’une cellule synthétique ! La communication est ici complètement fausse puisque les titres des articles laissent penser que la structure entière a été construite dans le laboratoire. Et bien non. Le génome oui, mais la cellule réceptacle était tout ce qu’il y a de naturel. Bien sûr cela soulève des questions d’éthique concernant la biologie synthétique et je ne me lancerai pas dans le débat ici. Mais il faut aussi savoir que nous sommes à des années lumières de pouvoir exploiter ces techniques pour des organismes plus complexes. Dans l’approche de synthèse et d’introduction d’un génome dans une cellule bactérienne ne sont pas pris en compte des éléments tels que les organites présents dans les cellules (et en particulier le génome mitochondrial) ou l’épigénétique (les techniques de clonage animal se heurtent en particulier fortement à ce problème).
Alors, si je peux ajouter une dernière remarque, c’est qu’on ferait mieux de retourner à nos paillasses au lieu de consacrer du temps à ce buzz qui fait beaucoup de vent pour rien.
Suite au tweet de Tom Roud, allez donc lire cet article sur le sujet. Je laisse la main à mes camarades pour approfondir, s’ils ont le courage d’y consacrer du temps.


Nicolas le 21 mai 2010 à 7:21 #
Sur l’aspect communication de ces travaux, vous serez interessé de suivre la discussion commencé par l’un des auteurs du papier sur Reddit:
http://www.reddit.com/r/IAmA/comments/c6kd6/i_am_one_of_the_creators_of_the_first_synthetic/
pablo le 22 mai 2010 à 7:20 #
“Le génome oui, mais la cellule réceptacle était tout ce qu’il y a de naturel.” > OK et probablement l’eau qui l’entourait aussi. Mais la cellule qui a été produite est elle-même capable de reproduction. On est donc bien en présence d’un organisme vivant synthétisé.
Comme le dit Venter, c’est la première cellule à se reproduire avec le nom de son site web dans son génome…
Venter, synthetic life et réactions « Coffee and Sci(ence) le 23 mai 2010 à 2:26 #
[…] et à mesure. En fait le seul billet qui a attiré mon attention jusqu’à samedi matin était celui de Béné posté au C@fé des sciences. On ne peut pas dire qu’elle célèbre la réalisation […]
steph le 23 mai 2010 à 10:38 #
Je crois que vous avez raison en ce qui concerne le fait que les organelles ne soient pas synthétiques et que l’épigénétique n’ait pas été pris en ligne de compte. Cependant, prenez garde! Je crois que vous avez un bel esprit scientifique, mais votre ton amer pourrait nuire à l’interprétation que doivent faire vos lecteurs de ce que vous dites. Je juge qu’il est bien de faire remarquer les lacunes, tel que vous le faites, et en tant que scientifiques nous nous devons de les chercher dans tout ce que nous lisons et d’éviter de croire trop vite ce qui nous est présenté. Seulement, nous sommes tous à la recherche de vérité. Les attaques personnelles sont superflues. Certes, il est des individus au caractère moins abordable que d’autres, mais le monde est ainsi fait et nous devons simplement nous y adapter.
Béné le 24 mai 2010 à 9:51 #
>Steph
Votre commentaire est totalement juste, je n’aurais peut-être pas dû écrire ce billet à chaud mais le buzz énorme créé par ce papier m’a plus ou moins sorti les yeux de la tête.
Je suis toutefois encore confortée dans mon opinion qu’il s’agit avant tout de la démonstration de la force du service presse de JCVI aux dépens de la science en elle-même.
Béné le 24 mai 2010 à 10:03 #
>Steph
D’ailleurs, outre le fait que l’attaque sur le nom de l’institut était un peu gratuite, la lecture de l’introduction de l’article en question est consternante (ceci n’est que mon opinion, bien entendu). Il s’agit de plusieurs paragraphes qui retracent en se gargarisant les découvertes du JCVI. Il me semble (et je parle ici en tant que scientifique) que ce genre d’éloges n’a pas sa place en introduction d’un article scientifique.
Pascal Lapointe le 25 mai 2010 à 7:00 #
Allant dans la même direction que ce billet, je serais curieux d’avoir vos commentaires sur ma propre analyse de ce buzz médiatique:
http://www.sciencepresse.qc.ca/actualite/2010/05/24/createur-vie-peut-etre